大雄与哆啦A梦、胖虎、小夫、静香在玩捉迷藏时，突然被一道神秘光芒吸走，醒来后发现身处陌生的宇宙飞船中。原来，他们被来自“拉格那母星”的幸存者组成的银河漂流舰队所救，而舰队少年李昂等人正奉命寻找适合生存的新星球。李昂告诉大雄，拉格那母星早已毁灭，舰队成员在宇宙中漂泊多年，而邪恶的黑暗势力“幽灵舰队”正企图夺取所有星球的能量，包括地球。为了拯救地球和银河漂流舰队，大雄一行人决定协助李昂。哆啦A梦拿出各种神奇道具，如“宇宙救生艇”“任意门”和“翻译魔芋”，帮助大家适应太空生活。然而，幽灵舰队首领“恶魔”设下重重陷阱，甚至绑架了静香作为人质。大雄在危急时刻展现出前所未有的勇气，驾驶飞船穿越陨石群，与伙伴们合力对抗敌人。最终，他们发现幽灵舰队的真实目的竟是利用“宇宙树”的力量复活拉格那母星，但代价是毁灭其他星球。大雄和伙伴们用友情与智慧说服了恶魔手下的士兵，联合舰队共同阻止了阴谋。影片以宇宙树重新焕发生机、舰队找到新家园作结，而大雄也明白了真正的勇气源于守护他人的决心。