故事发生在一所贵族学校英德学园，这里由四位家世显赫、权势滔天的富家子弟——F4所主宰。为首的道明寺司性格霸道、占有欲极强，对不顺从者毫不留情；花泽类沉默寡言，总带着忧郁气质；西门总二郎风流倜傥，是情场高手；美作玲则偏爱年长女性，玩世不恭。平民女孩牧野杉菜因父母期望进入这所精英学校，却因替好友出头而得罪了F4，随即遭到全校范围的“红纸条”欺凌。面对道明寺的强势打压，杉菜毫不退缩，以顽强意志反抗，意外引起道明寺的注意，两人从对立逐渐产生微妙情愫。然而，杉菜暗恋的却是温柔体贴的花泽类。花泽类虽心有所属，却在与杉菜的相处中感受到她的真诚与倔强。与此同时，西门与美作也在旁观中卷入这场情感纠葛。随着杉菜的出现，F4之间的平衡被打破，道明寺的占有欲与花泽类的温柔形成强烈对比，而杉菜也必须在爱情、友情与自尊之间做出抉择。这部动漫版《流星花园》以细腻笔触刻画了青春期的懵懂与冲动，展现了不同性格角色在爱情面前的成长与蜕变。从校园欺凌到真心相待，从误会重重到彼此理解，每一个角色都在碰撞中学会面对真实的自己。