故事发生在近未来，全球资源枯竭，各国为争夺新型能源“虚能”而爆发战争。在边境荒漠中，一座代号“零号”的武器研究院被废弃多年，但内部仍藏有足以改变战局的禁忌武器——虚无核心。主角林澈本是研究院最年轻的研究员，十年前因一场实验事故被认定为唯一幸存者，如今却收到一封来自“零号”的加密信号。他重返故地，发现研究院并未真正废弃，地下实验室中仍有自动运转的防御系统和一群被遗忘的克隆士兵。与此同时，国际恐怖组织“黑隼”与军方势力同时瞄准研究院，企图夺取虚无核心。林澈在探索中逐渐揭开真相：当年的实验并非失败，而是有人故意引爆，为掩盖核心的自我意识觉醒。虚无核心拥有吞噬一切能量并复制武器形态的能力，一旦失控，将引发时空坍缩。林澈联合幸存的研究员少女艾米、机械体守卫K-7，以及叛逃的敌方特工雷恩，在层层机关与虚拟幻境中突围。他们必须在核心完全觉醒前找到“钥匙”——一段由林澈父亲留下的基因密码。最终，林澈选择与核心融合，将其力量封印于自身，边境重归平静，但新的危机已在暗处萌芽。